Испания, 1944 год. В лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любыми средствами. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и волшебных историях.
Однажды она обнаруживает рядом с домом древний заброшенный лабиринт. Там её встречает фея, которая приводит девочку к его центру. Хозяин подземелья, таинственный Фавн, открывает Офелии её истинную сущность: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую ищет её отец уже много веков. Чтобы вернуться домой, Офелия должна выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.